仲間達と力をあわせ、世界樹の暴走を止めた大樹とアリシア。
その際、超巨大な世界樹の出現というアクシデントにも見舞われたが、
卒業後二人はセシルの助役として世界樹管理の仕事に携わっていた。
ある日、大樹の周りに異変が起こり始める。
ボガードいわく、その異変は大樹の持つ特殊な力の暴走が原因らしい。
なんとかするため、大樹はボガードから修行を受けることを決心した。